La chromatographie, un moment éclipsée par la chromatographie en phase gazeuse, a fait des progrès considérables, grâce à la miniaturisation des colonnes et à la détection en continu des fractions. L'appareil est constitué d'une colonne d'acier d'une longueur de l'ordre de 200 mm et de diamètre intérieur de 4 mm, remplie de particules de tailles inférieure à 20 microns; cette colonne est précédée d'une pompe à haute pression, permettant d'injecter le solvant sous une pression de plusieurs dizaines de bars. Des microvannes assurent l'introduction de quelques microlitres de solution à analyser, en tête de colonne. La détection des fractions est le plus souvent faite par absorption U.V. ou réfractométrie; elle est suivie de l'enregistrement graphique des signaux ou de leur traitement direct par calculateur. Toutes les opérations peuvent être automatisées dans les cas d'analyses de routine. Les quantités analysées sont de l'ordre du milligramme et l'efficacité varie entre 1000 et 10 000 plateaux théoriques; sur des colonnes appropriées on sépare par exemple tous les aminoacides naturels, alors des quantités de substance aussi que 10-12 peuvent être décelées.
Par ailleurs, l'extension de cette chromatographie au niveau de la préparation est facile pour des quantités de quelques grammes, et les laboratoires l'emploient très couramment. Le problème à l'échelle industrielle est de trouver des phases fixes dont le prix ne soit pas prohibitif; la chromatographie en phase liquide est ainsi très compétitive pour des produits comme les antibiotiques ou les protéines: des unités arrivent à produire quelques centaines de kilogrammes par jour.
Les méthodes utilisées pour préparer les échantillons, et les différentes phases fixes sont très nombreuses ; un choix judicieux fournira la solution de n'importe quel problème analytique.